Międzyzakładowa Pracownia Analizy Instrumentalnej i Preparatyki

Międzyzakładowa Pracownia Analizy Instrumentalnej i Preparatyki IITD PAN wyposażona jest w spektrometr mas MALDI-TOF/TOF Bruker ultrafleXtreme, z zestawem do chromatografii nano-LC, oraz chromatografy gazowe sprzężone ze spektrometrią mas: Thermo Focus GC wyposażony w tandemowy spektrometr mas typu pułapki jonowej Ion-Trap ITQ 700 i Thermo Trace GC wyposażony w tandemowy spektrometr mas typu potrójnego kwadrupola  Thermo TSQ Quantum XLS Triple-Quad.

Urządzenia zapewniają pracownikom IITD dostęp do technik spektrometrii mas zarówno w badaniach proteomicznych jak i badaniach glikokoniugatów bakteryjnych oraz eukariotycznych, w badaniach z zakresu immunologii, biochemii, mikrobiologii, badaniach nowotworów czy projektowaniu szczepionek.

W strukturze MPAIP funkcjonuje laboratorium mikroskopii elektronowej, wyposażone w elektronowy mikroskop transmisyjny JEOL JEM F-200, umożliwiający tryb mikroskopii STEM z detektorami BF (bright-field) i HAADF (high-angle annular dark-field) oraz urządzenia dodatkowe: witryfikator do powtarzalnego przygotowywania preparatów mrożeniowych z zawiesin, Plasma Cleaner do przygotowania podłoży nośnych, procesor tkankowy RMC Boeckeler EMP5160, pozwalający na powtarzalne przygotowywanie preparatów utrwalanych chemicznie, napylarkę wysokopróżniowa z możliwością naparowywania węgla oraz metalu oraz dedykowana stacja robocza GPU do obróbki danych z metod TOMO i SPA, a także modelowania 3D struktur biologicznych. Pracownia nie prowadzi badań własnych.

Kontakt

Kierownik

Kierownik: dr hab. Jacek Rybka, 0000-0003-4499-1574

Zainteresowania naukowe: Badania strukturalne i immunochemiczne endotoksyn bakteryjnych, właściwości immunologiczne składników osłon bakterii Gram-ujemnych, metody analizy markerów chemicznych składników osłon bakteryjnych, metody mikrosystemowe i mikromechaniczne w detekcji bakterii i endotoksyn bakteryjnych, detekcja endotoksyn z wykorzystaniem technik luminescencyjnych. Pełnione funkcje: kierownik Międzyzakładowej Pracownia Analizy Instrumentalnej i Preparatyki (2009 – obecnie), Zastępca Dyrektora IITD PAN ds. naukowych (2011-2015), Dyrektor IITD PAN (2015-2020)

Zespół

Metody badawcze

  • spektrometria mas: MALDI-TOF, GLC-MS, GLC-MSMS
  • transmisyjna mikroskopia elektronowa

Kluczowa aparatura badawcza

  • MALDI-TOF/TOF Bruker ultrafleXtreme
  • Zestaw do chromatografii nano-LC Easy-nLCII z kolektorem frakcji Proteineer fc
  • GLC-MSMS: Thermo Focus ze spektrometrem mas typu pułapki jonowej Ion-Trap ITQ 700
  • GLC-MSMS: Thermo Trace GC ze spektrometrem mas typu potrójnego kwadrupola Thermo TSQ Quantum XLS Triple-Quad
  • Elektronowy mikroskop transmisyjny JEOL JEM F-200
  • Witryfikator Leica EM GP2 Automatic Plunge Freezer
  • Plasma Cleaner PIE Scientific Tergeo EM
  • Procesor tkankowy RMC Boeckeler EMP5160
  • Napylarka wysokopróżniowa Quorum Technologies K975X

Wybrane publikacje

  • Rollenske T., Szijarto V., Łukasiewicz J., Guachalla L.M., Stojkovic K., Hartl K., Stulik L., Kocher S., Lasitschka F., Al-Saeedi M., Schröder-Braunstein J., von Frankenberg M., Gaebelein G., Hoffmann P., Klein S., Heeg K., Nagy E., Nagy G., Wardemann H.: Cross-specificity of protective human antibodies against Klebsiella pneumoniaeLPS O-antigen. Nat Immunol., 2018, 19(6): 617-624 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29760533/).
  • Razim A., Pacyga K., Aptekorz M., Martirosian G., Szuba A., Pawlak-Adamska E., Brzychczy-Włoch M., Myc A., Gamian A., Górska S.: Epitopes identified in GAPDH from Clostridium difficilerecognized as common antigens with potential autoimmunizing properties. Scientific Rep, 2018, 8:13946 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30224677/).
  • Palusiak A., Maciejewska A., Ługowski C., Różalski A., Kaszowska M.: The new structure of core oligosaccharide presented by Proteus penneri40A and 41 lipopolysaccharides. Int J Mol Sci, 2018, 19(3) (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29495556/).
  • Man-Kupisińska A., Świerzko A.S., Maciejewska A., Hoc M., Różalski A., Siwinska M., Ługowski C., Cedzynski M., Łukasiewicz J.: Interaction of mannose-binding lectin with lipopolysaccharide outer core region and its biological consequences. Front Immunol, 2018, 9: 1498 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30008719/).
  • Kaszowska M., Wójcik M., Siednienko J., Ługowski C., Łukasiewicz J.: Structure–activity relationship of Plesiomonas shigelloideslipid A to the production of TNF-α, IL-1β, and IL-6 by human and murine macrophages. Front Immunol, 2017, 8: 1741 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29321776/).
  • Górska S., Sandstrőm C., Wojas-Turek J., Rossowska J., Pajtasz-Piasecka E, Brzozowska E., Gamian A.: Structural and immunomodulatory differences among lactobacilli exopolysaccharides isolated from intestines of mice with experimentally induced inflmmatory bowel disease. Scientific Reports, 2016, 6: 37613 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27869188/).
  • Dudek B., Krzyżewska E., Kapczyńska K., Rybka J., Pawlak A., Korzekwa K., Klausa E., Bugla-Płoskońska G.: Proteomic analysis of outer membrane proteins from Salmonella enteritidisstrains with different sensitivity to human serum. PLoS One, 2016, 11(10) (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27695090/).
  • Paściak M., Dacko W., Sikora J., Gurlaga D., Pawlik K., Miękisiak G., Gamian A.: Creation of an In-House Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry Corynebacterineae Database Overcomes Difficulties in Identification of Nocardia farcinica Clinical Isolates. J Clin Microbiol, 2015, 53(8): 2611-21 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26041903/).
  • Roszkowiak J., Jajor P., Guła G., Gubernator J., Żak A.M., Drulis-Kawa Z., Augustyniak D.: Interspecies Outer Membrane Vesicles (OMVs) Modulate the Sensitivity of Pathogenic Bacteria and Pathogenic Yeasts to Cationic Peptides and Serum Complement, Int J Mol Sci, 2019, 20(22): 5577 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31717311/)
  • Maldonado-Carmona N., Marchand G., Villandier N., Ouk T.S., Pereira M., Calvete M.J., Calliste C.A., Żak A., Piksa M., Pawlik K.J, Matczyszyn K., Lhez S.: Porphyrin-loaded lignin nanoparticles against bacteria: a Photodynamic Antimicrobial Chemotherapy and environmentally friendly application, Frontiers in Microbiology, 2020, 11: 606185 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33281805/).