Polska Kolekcja Mikroorganizmów

www.pcm.org.pl

Polska Kolekcja Mikroorganizmów PCM została powołana w IITD PAN w 1967 roku i jest największą instytucją tego rodzaju w Polsce. Kolekcja zarejestrowana jest w Światowej Federacji Kolekcji Drobnoustrojów (WFCC) pod numerem 106 z akronimem PCM oraz w Europejskiej Organizacji Kolekcji Drobnoustrojów (ECCO). Kolekcja PCM uzyskała w 2000 roku od Światowej Organizacji Własności Intelektualnej (WIPO) status Międzynarodowego Organu Depozytowego (IDA) do celów patentowych i jest liderem w liczbie przyjmowanych depozytów w całej Europie Środkowej. PCM posiada w swoich zbiorach ponad 3000 szczepów bakteryjnych, które były gromadzone przez kilka generacji naukowców pracujących w dziedzinach nauk biologicznych i medycznych. Kolekcja od początku swej działalności poszerza swoje zasoby w trybie ciągłym, a także prowadzi intensywną dystrybucję zweryfikowanego materiału mikrobiologicznego do ośrodków naukowych, jak i do firm głównie z sektora biotechnologii z kraju i z zagranicy. Zakres usług kolekcji został poszerzony o przeprowadzanie identyfikacji gatunkowej mikroorganizmów, przygotowanie biomasy, a także prowadzenie konsultacji i szkoleń z zakresu mikrobiologii. Od 2014 roku funkcjonuje Platforma PCM (www.pcm.org.pl) z nowoczesną bazą danych mikroorganizmów, która prezentuje panel usług świadczonych przez kolekcję. PCM jest aktywnie zaangażowana w europejski projekt Microbial Resource Research Infrastructure (MIRRI) wpisany na Europejską Mapę Drogową Infrastruktury Badawczej ESFRI.

Kontakt

Kierownik
Kierownik: prof. dr hab. Andrzej Gamian – kierownik PCM (0000-0002-2206-6591)  

Absolwent Wydziału Nauk Przyrodniczych Uniwersytetu Wrocławskiego (1975 r.). Bezpośrednio po studiach zaczął pracę w Instytucie Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. Ludwika Hirszfelda PAN, gdzie realizował pracę doktorską dotyczącą immunochemii lipopolisacharydów Shigella. Stopień doktora uzyskał w 1982 r. W latach 1984-86 przebywał na stażu naukowym w National Research Council of Canada w Ottawie, co zaowocowało opracowaniem szczepionki przeciwko meningokokowemu zapaleniu opon mózgowych typu B. W 1990 r. przebywał na stypendium w CNRS w Grenoble we Francji, pracując nad strukturą części cukrowej kilku endotoksyn. Prowadził także badania nad antygenami bakteryjnymi w Arrhenius Laboratory w Sztokholmie i Uppsali. W 1993 r. otrzymał stopień doktora habilitowanego („Lipopolisacharydy Enterobacteriaceae zawierające kwas sjalowy”), a dziesięć lat później tytuł profesora z rąk Prezydenta RP. W 1994 r. objął stanowisko kierownika Zakładu Immunologii Chorób Zakaźnych IITD PAN, a w 2006 r. kierownika Katedry i Zakładu Biochemii Lekarskiej Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu. Od lipca 2020 r. pełni funkcję Dyrektora IITD PAN. Jest autorem ponad 380 prac w czasopismach krajowych i zagranicznych, a także twórcą 50 patentów i zgłoszeń patentowych. Jego zainteresowania naukowe skupiają się głównie wokół badań polisacharydów, konstrukcji szczepionek przeciwbakteryjnych i przeciwwirusowych, badań glikolipidów, białek drobnoustrojów i fagów, ich użyciem do diagnostyki, szczepionek, terapii, także zagadnień immunochemii polisacharydów probiotyków. Ważna jest problematyka glikacji białek, tworzenia się agregatów w organizmie, metod oznaczania markerów chorobowych, szczególnie chorób metabolicznych, naczyniowych, neurodegeneracyjnych.

Zespół
Najważniejsze osiągnięcia naukowe
  • Prowadzenie współpracy naukowej z licznymi jednostkami naukowymi w kraju i za granicą, owocujące licznymi publikacjami naukowymi w dziedzinie mikrobiologii, weterynarii i nauk medycznych.
  • Izolacja, identyfikacja, charakterystyka, zabezpieczanie i dystrybucja szczepów bakteryjnych.
  • Przyjmowanie depozytów patentowych: bakterii i bakteriofagów.

Metody badawcze
  • izolacja i długotrwałe zabezpieczenie szczepów bakteryjnych
  • identyfikacja mikroorganizmów z zastosowaniem systemu MALDI Biotyper
  • identyfikacja mikroorganizmów metodą sekwencjonowania 16S rRNA
  • mikroskopowa analiza preparatów bakteryjnych

Kluczowa aparatura badawcza
  • Liofilizator do zabezpieczenia materiału bakteryjnego w szklanych ampułkach
  • Zamrażarka niskotemperaturowa Froilabo BMS
  • Laminar Scanlaf Mars
  • Mikroskop Olympus BX43F do obserwacji w świetle odbitym i przechodzącym
  • System identyfikacji mikroorganizmów BD Crystal
  • Termocykler T100 Bio-Rad
  • System elektroforezy poziomej PowerPac Basic Bio-Rad
  • Spektrofotometr UV/VIS DeNovix Plus
  • System do elektroforezy Mini-Protean Tetra Cell, 4-Gel System Bio-Rad
  • System dokumentacji żeli i blotów – Syngene PXI
  • Wirówka HEREUS MULTIFUGE X3R

Najważniejsze projekty badawcze (ostatnie 10 lat)
  • Utworzenie interoperacyjnej elektronicznej platformy naukowej Polskiej Kolekcji Mikroorganizmów, POIG.02.03.02-00-005/10, 01.11.2010-31.12.2014
  • Utworzenie bazy danych immunogenetycznych polskiej populacji MultiGenBank POIG.02.03.02-02-028/13, 01.09.2014-21.12.2015

Wybrane publikacje
  • Njamkepo E., Fawal N., Tran-Dien A., Hawkey J., Strockbine N., Jenkins C., Talukder K.A., Bercion R., Kuleshov K., Kolínská R., Russell J.E., Kaftyreva L., Accou-Demartin M., Karas A., Vandenberg O., Mather A.E., Mason C.J., Page A.J., Ramamurthy T., Bizet C., Gamian A., Carle I., Sow A.G., Bouchier C., Wester A.L., Lejay-Collin M., Fonkoua M.C., Hello S.L., Blaser M.J., Jernberg C., Ruckly C., Mérens A., Page A.L., Aslett M., Roggentin P., Fruth A., Denamur E., Venkatesan M., Bercovier H., Bodhidatta L., Chiou C.S., Clermont D., Colonna B., Egorova S., Pazhani G.P., Ezernitchi A.V., Guigon G., Harris S.R., Izumiya H., Korzeniowska-Kowal A., Lutyńska A., Gouali M., Grimont F., Langendorf C., Marejková M., Peterson L.A., Perez-Perez G., Ngandjio A., Podkolzin A., Souche E., Makarova M., Shipulin G.A., Ye C., Žemličková H., Herpay M., Grimont P.A., Parkhill J., Sansonetti P., Holt K.E., Brisse S., Thomson N.R., Weill F.X.: Global phylogeography and evolutionary history of Shigella dysenteriae type 1. Nature Microbiol. 2016, 1: 16027 (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27572446/).
  • Książczyk M, Kuczkowski M, Dudek B, Korzekwa K, Tobiasz A, Korzeniowska- Kowal A, Paluch E, Wieliczko A, Bugla-Płoskońska G. Application of Routine Diagnostic Procedure, VITEK 2 Compact, MALDI-TOF MS, and PCR Assays in Identification Procedure of Bacterial Strain with Ambiguous Phenotype. Curr Microbiol. 2016 May;72(5):570-82. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26804795/
  • Król J, Wanecka A, Twardoń J, Mrowiec J, Dropińska A, Bania J, Podkowik M, Korzeniowska-Kowal A, Paściak M. Isolation of Staphylococcus microti from milk of dairy cows with mastitis. Vet Microbiol. 2016 Jan 15;182:163-9. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26711044/
  • Korzeniowska-Kowal A, Kochman A, Gamian E, Lis-Nawara A, Lipiński T, Seweryn E, Ziółkowski P, Gamian A. Antibodies against Escherichia coli O24 and O56 O-Specific Polysaccharides Recognize Epitopes in Human Glandular Epithelium and Nervous Tissue. PLoS One.;10(6):e0129492, 2015 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26086646/
  • Zdziarski P, Paściak M, Rogala K, Korzeniowska-Kowal A, Gamian A. Elizabethkingia miricola as an opportunistic oral pathogen associated with superinfectious complications in humoral immunodeficiency: a case report. BMC Infectious Diseases 2017; 17:763, DOI 10.1186/s12879-017-2886-7.