Laboratorium Immunogenetyki Klinicznej i Farmakogenetyki

W Laboratorium Immunogenetyki Klinicznej i Farmakogenetyki (LIKiF) realizowane są badania naukowe, których celem jest poszukiwanie nowych markerów związanych z podatnością i przebiegiem chorób, odpowiedzią na leczenie, czy oceną skuteczności działania zastosowanej terapii. Prowadzone są analizy z zakresu immunologii i immunogenetyki człowieka obejmujące m.in. badania genetyczne i epigenetyczne – zmienności polimorficznej i ekspresji genów (mRNA, miRNA), proteomiczne – w oparciu o analizę poziomów białek i panele cytometryczne. Doświadczenia prowadzone są w warunkach in vitro (linie komórkowe) oraz na materiale klinicznym pochodzącym od pacjentów z chorobami reumatycznymi (m.in. reumatoidalne zapalenie stawów, zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa), hematologicznymi (w tym również po przeszczepieniu krwiotwórczych komórek macierzystych) i onkologicznymi (m.in. nowotwór gruczołu piersiowego, płuca). Badania prowadzone są we współpracy z ośrodkami naukowymi i klinicznymi z kraju i zagranicy.

W centrum naszych zainteresowań znajdują się komórki NK oraz limfocyty T γδ.  Pracujemy również nad implementacją oceny średniej długości telomerów do celów klinicznych. W ramach “Immunogenetics of Ageing Working Group” prowadzimy międzynarodowe badania dotyczące zagadnień związanych z immunogenetyką starzenia m.in. zmiennością genów kodujących cząsteczki HLA oraz MICA/B, analizą specyficzności KIR, oraz wariantów polimorficznych w genach NKG2D I ELOVL2.

Kontakt

Kierownik

Kierownik: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik (0000-0001-9744-0376)

Katarzyna Bogunia-Kubik

Prof. Bogunia-Kubik związana jest z immunogenetyką od ponad 20 lat. Jej badania koncentrują się na immunologii/immunogenetyce transplantacyjnej, poszukiwaniu nowych markerów związanych z podatnością i przebiegiem choroby oraz odpowiedzią na leczenie (np. choroby reumatyczne czy hematologiczne), a także zagadnieniach dotyczących starzenia się organizmu.

W obszarze jej zainteresowań mieszczą się: polimorfizm sekwencji DNA kodujących HLA, zmienność genów spoza układu HLA, ekspresja miRNA oraz białek biorących udział w regulacji odpowiedzi immunologicznej.

Od 2013 r. jest kierownikiem LIKiF. Aktualnie jest członkiem, m.in.: Rady Naukowej IITD PAN; Rady Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów PAN; Komitetu Immunologii i Etiologii Zakażeń Człowieka PAN; European Board of Transplant Immunology; Management Committee – COST CA17138: Integrated European Network on Chronic Graft Versus Host Disease (cGvHD) – EUROGRAFT; Zarządu Polskiego Towarzystwa Immunogenetycznego (przez 2 kadencje pełniła funkcję prezesa), Europejskiej Federacji Immunogenetyki (EFI Executive Committee; Councillor) oraz Oddziału Wrocławskiego Polskiego Towarzystwa Immunologii Doświadczalnej i Klinicznej (przewodnicząca).

Zespół

Adiunkci:

Asystenci:

Specjaliści:

Doktoranci:

Najważniejsze osiągnięcia naukowe

Laboratorium LIKiF zostało utworzone w 2013 roku. Do naszych dotychczasowych osiągnięć należy zbadanie i udokumentowanie znaczenia:

  • wariantów polimorficznych genów kodujących klasyczne i nieklasyczne antygeny zgodności tkankowej (HLA) i ich receptorów, jak również ekspresji cytokin prozapalnych oraz cząsteczek miRNA z podatnością na choroby reumatyczne i efektywnością terapii biologicznej (anty-TNF oraz JAK/STAT), a także z ryzykiem rozwoju powikłań po przeszczepieniu komórek krwiotwórczych,
  • genu hTERT jako markera związanego z podatnością na chorobę, odpowiedzią na leczenie, jaki i rokowaniem w grupach pacjentów z ostrą białaczką szpikową (AML), przewlekłą białaczką limfocytową (CLL), szpiczakiem plazmocytowym (MM), oraz kobiet z nowotworem gruczołu piersiowego,
  • średniej długości telomerów jako potencjalnego wskaźnika prognostycznego w onkologii i onkohematologii, jak również biomarkera związanego z długowiecznością,
  • rozpuszczalnej formy białka BSG (CD147) w surowicy pacjentów jako potencjalnego markera diagnostycznego i prognostycznego w szpiczaku plazmocytowym i ostrej białaczce szpikowej,
  • zmian ekspresji powierzchniowej, ekspresji na poziomie mRNA i białka, a także zmienności polimorficznej genów kodujących receptory komórek NK (z rodziny NKG2, NCR oraz ILT) oraz ich ligand na ryzyko wystąpienia poprzeszczepowych powikłań u dorosłych pacjentów poddanych allogenicznemu przeszczepieniu komórek krwiotwórczych,
  • niekonwencjonalnych limfocytów T γδ oraz ich fenotypu funkcjonalnego i profilu receptorowego w przebiegu chorób reumatycznych oraz odpowiedzi na leczenie biologiczne.
Metody badawcze
  • badanie zmienności polimorficznej i ekspresji genów (PCR, RT-PCR, qPCR, VNTR, PCR-SSP, NGS),
  • określenie długości telomerów i aktywności telomerazy,
  • analiza poziomu białek (ELISA i testy wieloparametryczne z wykorzystaniem urządzenia Luminex),
  • cytometria przepływowa,
  • profilowanie miRNA,
  • hodowle komórek in vitro,
  • mikroskopia holotomograficzna.

Kluczowa aparatura badawcza
  • pracownia biologii molekularnej; aparaty do PCR, aparaty do qPCR, sekwenator 8-kapilarny
  • analizator fluorescencyjno-laserowy Luminex200
  • pracownia hodowli komórkowych; komora laminarna, inkubator, mikroskop cytometr przepływowy
  • stanowisko do przyżyciowej wizualizacji komórek z wykorzystaniem techniki holotomografii komputerowej z mikroskopem Tomocube (w ramach Pracowni Biologii Funkcjonalnej Komórki Laboratorium Immunogenetyki Klinicznej i Farmakogenetyki)
Najważniejsze projekty badawcze (ostatnie 10 lat)
  • „Genetyczne i funkcjonalne uwarunkowania aktywności komórek NK w przebiegu allogenicznego przeszczepienia komórek krwiotwórczych – rola receptorów NKG2E, NKG2F, KLRG1 oraz cząsteczki CD107a”; Grant Narodowego Centrum Nauki, MINIATURA 9 Nr:2025/09/X/NZ6/00358 (07.08.2025-06.08.2026); kierownik zadania badawczego: dr Jagoda Siemaszko.
  • „Długość telomerów pary dawca – biorca oraz profil odnowy immunologicznej u dzieci poddanych allogenicznej transplantacji komórek krwiotwórczych”; Grant Narodowego Centrum Nauki, MINIATURA 8 Nr:2024/08/X/NZ6/00773 (11.10.2024-10-10.2025); kierownik zadania badawczego: dr Marta Dratwa-Kuzmin.
  • „Efektywność nowatorskiej terapii inhibitorami JAK u pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów w odniesieniu do profilu receptorów i cytokin limfocytów T γδ”; Grant Narodowego Centrum Nauki, PRELUDIUM 22 Nr: 2023/49/N/NZ5/04128 (09.01.2024-08.01.2027); kierownik projektu: mgr Sylwia Biały.
  • „Pęcherzyki zewnątrzkomórkowe pochodzące od pacjentów z reumatoidalnym zapaleniem stawów jako modulatory funkcjonalności komórek NK”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Opus 24 Nr: 2022/47/B/NZ3/01980 (06.07.2023-05.07.2027); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Epigenomiczne, immunogenetyczne i proteomiczne strategie identyfikacji determinant komórek NK o prognostycznym znaczeniu u pacjentów poddanych alogenicznemu przeszczepieniu komórek krwiotwórczych – badania wieloośrodkowe”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Opus 16 Nr: UMO-2018/31/B/NZ2/03065 (03.10.2019-02.10.2022); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Określenie roli basiginy w rozwoju szpiczaka mnogiego i ostrej białaczki szpikowej”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Preludium Nr: UMO-2018/29/N/NZ5/02022 (28.01.2019-27.01.2022); kierownik projektu: mgr inż. Piotr Łacina.
  • „Nowe związki o działaniu przeciwnowotworowym zaburzające funkcje telomerów” – Targettelo, Grant Narodowego Centrum Badań i Rozwoju Nr: STRATEGMED3/306853/9/NCBR/2017 (17.05.2017-16.05.2021); kierownik projektu: prof. dr hab. Maciej Bagiński; kierownik podzadania: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik: Analiza zmienności genetycznej w obrębie jednostki katalitycznej telomerazy. workpakage 2: Określenie właściwości molekularnych badanych systemów telomerowych.
  • „W poszukiwaniu biomarkerów chorób reumatycznych – kompleksowa analiza profilu metabolicznego, polimorfizmów i ekspresji genów szlaku IL-23/Th17 i cząsteczek miRNA”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Opus Nr: UMO-2016/21/B/NZ5/01901 (07.02.2017-06.02.2021); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Kontynuacja badań wstępnych dotyczących poszukiwania biomarkerów związanych z reumatoidalnym zapaleniem stawów”; Grant / Projekt KNOW Nr: 39/2015/KNOW/IITD (16.10.2015-15.10.2016); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Badania wstępne dotyczące odpowiedzi immunologicznej u chorych z reumatoidalnym zapaleniem stawów o różnym statusie serologicznym”; Grant / Projekt KNOW Nr: 102/2016/KNOW IITD (5.10.2016-4.01.2018); kierownik projektu: dr Barbara Wysoczańska.
  • „Rola miRNA w regulacji fibrozy w twardzinie układowej”; Grant Homing Plus Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej (FNP); Homing Plus/2013-8/4 (1.07.2014-31.12.2015); kierownik projektu: dr Marzena Ciechomska.
  • „Immunogenetyczne podłoże mechanizmu uwalniania progenitorowych komórek macierzystych ze szpiku do krwi obwodowej w odpowiedzi na podanie czynnika stymulującego wzrost kolonii granulocytów (G-CSF)”; Grant Narodowego Centrum Nauki: Preludium Nr: 2012/07/N/NZ6/02971 (17.06.2013-17.02.2018); kierownik projektu: mgr inż. Katarzyna Gębura.
  • „Rola polimorfizmu i ekspresji receptorów z rodziny CD94/NKG2 oraz cząsteczki HLA-E w etiopatogenezie reumatoidalnego zapalenia stawów”; Grant Narodowego Centrum Nauki: Preludium Nr: 2012/05/N/NZ5/02607 (21.02.2013-20.02.2016); kierownik projektu: mgr Milena Iwaszko.
Wybrane publikacje
  • Łacina P., Crossland R.E., Siemaszko J., Szeremet A., Majcherek M., Czyż A., Sobczyk-Kruszelnicka M., Fidyk W., Solarska I., Nasiłowska-Adamska B., Skowrońska P., Bieniaszewska M., Tomaszewska A., Basak G.W., Giebel S., Wróbel T., Bogunia-Kubik K.: miR-302d-3p expression and genotype are associated with CMV replication after allogeneic haematopoietic stem cell transplantation. Hum Immunol, 2025, 86(6):111599 (doi: 10.1016/j.humimm.2025.111599),
  • Dratwa-Kuzmin M., Lacina P., Wysoczanska B., Kilinska D., Siemaszko J., Sobczyk-Kruszelnicka M., Fidyk W., Solarska I., Nasiłowska-Adamska B., Skowronska P., Bieniaszewska M., Tomaszewska A., Basak G., Giebel S., Bogunia-Kubik K.: Telomere length and telomerase reverse transcriptase gene polymorphism as potential markers of complete chimerism and GvHD development after allogeneic haematopoietic stem cell transplantation. J Cancer Res Clin Oncol, 2025, 151(3):109 (doi: 10.1007/s00432-025-06160-7),
  • Siemaszko, J., Łacina, P., Szymczak, D., Szeremet, A., Majcherek, M., Czyż, A., Sobczyk-Kruszelnicka, M., Fidyk, W., Solarska, I., Nasiłowska-Adamska, B., Skowrońska, P., Bieniaszewska, M., Tomaszewska, A., Basak, G. W., Giebel, S., Wróbel, T., Bogunia-Kubik, K.: ILT-2 and ILT-4 expression and donor genotype as factors associated with HSCT outcome. Clin Immunol, 2025, 281:110605 (doi: 10.1016/j.clim.2025.110605),
  • Smardz, J., Martynowicz, H., Dratwa-Kuzmin, M., Wojakowska, A., Gac, P., Bogunia-Kubik, K., Wieckiewicz, M. The importance of dopamine levels and single-nucleotide polymorphism within COMT, DRD1 and DRD2 genes in obstructive sleep apnoea. Annals of medicine, 2025, 57(1), 2548386, (doi.org/10.1080/07853890.2025.2548386),
  • Biały, S., Bogunia-Kubik, K.: Uncovering the mysteries of human gamma delta T cells: from origins to novel therapeutics. Front Immunol. 2025 Apr 10;16:1543454. (doi:10.3389/fimmu.2025.1543454),
  • Pietras P.J., Chaszczewska-Markowska M., Ghete D., Tyczewska A., Bąkowska-Żywicka K.: Saccharomyces cerevisiae recovery from various mild abiotic stresses: Viability, fitness, and high resolution three-dimensional morphology imaging. Fungal Genet Biol, 2025, 178:103975, (doi:10.1016/j.fgb.2025.103975),
  • Biały S., Iwaszko M., Świerkot J., Kolossa K., Wielińska J., Jeka S., Bogunia-Kubik K.: Genetic variability of three common NK and γδ T cell receptor genes (FCγ3R, NCR3, and DNAM-1) and their role in Polish patients with rheumatoid arthritis and ankylosing spondylitis. Immunol Res, 2024, 72(4):614-625 (doi: 10.1007/s12026-024-09488-3),
  • Nihtilä, J., Penna, L., Salmenniemi, U., Itälä-Remes, M., Crossland, R.E., Gallardo, D., Bogunia-Kubik, K., Lacina, P., Bieniaszewska, M., Giebel, S., Karjalainen, K., Jahan, F., Kerkelä, E., Hyvärinen, K., Koskela, S., Ritari, J., Partanen, J.: Effect of NK cell receptor genetic variation on allogeneic stem cell transplantation outcome and in vitro NK cell cytotoxicity. Sci Rep. 2024 Nov 6;14(1):26988. (doi: 10.1038/s41598-024-78619-5),
  • Dratwa-Kuzmin, M., Hadra, B.A., Oguz, F., Ogret, Y., Constantinescu, I., Apostol, D., Talangescu, A., Constantinescu, A.E., Maruntelu, I., Kościńska, K., Lukanov, T., Naumova, E., Bogunia-Kubik, K.: Telomere Length, HLA, and Longevity-Results from a Multicenter Study. Int J Mol Sci. 2024 Aug 30;25(17):9457. (doi: 10.3390/ijms2517945),
  • Gavriilidi, I.K., Wielińska, J., Bogunia-Kubik, K.: Updates on the Pathophysiology and Therapeutic Potential of Extracellular Vesicles with Focus on Exosomes in Rheumatoid Arthritis. J Inflamm Res. 2024 Jul 19;17:4811-4826. (doi: 10.2147/JIR.S465653),
  • Siemaszko J., Ussowicz M., Rybka B., Ryczan-Krawczyk R., Kałwak K., Bogunia-Kubik K.: The impact of NKG2A and NKG2D receptors and HLA-E and MICA ligands polymorphisms on post-transplant complications after paediatric allogeneic HSCT: a single-centre experience. Front Genet, 2023, 14:1186123 (doi: 10.3389/fgene.2023.1186123),
  • Łacina P., Crossland R.E., Wielińska J., Czyż A., Szeremet A., Ussowicz M., Wróbel T., Dickinson A.M., Bogunia-Kubik K.: Differential expression of miRNAs from extracellular vesicles in chronic graft-versus-host disease: A preliminary study. Adv Clin Exp Med, 2023, 32(5):539-544 (doi: 10.17219/acem/155373),
  • Gail, L.M., Schell, K.J., Łacina, P., Strobl, J., Bolton, S.J., Steinbakk Ulriksen, E., Bogunia-Kubik, K., Greinix, H., Crossland, R.E., Inngjerdingen, M., Stary, G.: Complex interactions of cellular players in chronic Graft-versus-Host Disease. Front Immunol. 2023 Jun 26;14:1199422. (doi: 10.3389/fimmu.2023.1199422),
  • Sánchez-Maldonado, J.M., Cáliz, R., López-Nevot, M.Á., Cabrera-Serrano, A.J., Moñiz-Díez, A., Canhão, H., Ter Horst, R., Quartuccio, L., Sorensen, S.B., Glintborg, B., Hetland, M.L., Filipescu, I., Pérez-Pampin, E., Conesa-Zamora, P., Swierkot, J., den Broeder, A.A., De Vita, S., Petersen, E.R.B., Li, Y., Ferrer, M.A., Escudero, A., Netea, M.G., Coenen, M.J.H., Andersen, V., Fonseca, J.E., Jurado, M., Bogunia-Kubik, K., Collantes, E., Sainz, J.: Validation of GWAS-Identified Variants for Anti-TNF Drug Response in Rheumatoid Arthritis: A Meta-Analysis of Two Large Cohorts. Front Immunol. 2021 Oct 27;12:672255. (doi: 10.3389/fimmu.2021.672255),
  • Bogunia-Kubik, K., Wojtowicz, W., Swierkot, J., Mielko, K.A., Qasem, B., Wielińska, J., Sokolik, R., Pruss, Ł., Młynarz, P.: Disease Differentiation and Monitoring of Anti-TNF Treatment in Rheumatoid Arthritis and Spondyloarthropathies. Int J Mol Sci. 2021 Jul 9;22(14):7389. (doi: 10.3390/ijms22147389),
  • Dratwa, M., Wysoczańska, B., Łacina, P., Kubik, T., Bogunia-Kubik, K.: TERT-Regulation and Roles in Cancer Formation. Front Immunol. 2020 Nov 19;11:589929. (doi: 10.3389/fimmu.2020.589929),
  • Iwaszko M., Świerkot J., Dratwa M., Wysoczańska B., Korman L., Bugaj B., Kolossa K., Jeka S., Wiland P., Bogunia-Kubik K.: Association of MICA-129Met/Val polymorphism with clinical outcome of anti-TNF therapy and MICA serum levels in patients with rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J., 2020 (https://doi.org/10.1038/s41397-020-0164-3).
  • Gębura K., Butrym A., Chaszczewska-Markowska M., Wróbel T., Kuliczkowski K., Bogunia-Kubik K.: G-CSF administration favours SDF-1 release and activation of neutrophils and monocytes in recipients of autologous peripheral blood progenitor cells. Cytokine, 2019, 116: 38-47 (https://doi.org/10.1016/j.cyto.2018.12.011).
  • Ciechomska M., Bonek K., Merdas M., Zarecki P., Swierkot J., Gluszko P., Bogunia-Kubik K., Maslinski W.: Changes in MiRNA-5196 Expression as a Potential Biomarker of Anti-TNF-α Therapy in Rheumatoid Arthritis and Ankylosing Spondylitis Patients. Arch Immunol Ther Exp (Warsz), 2018, 66(5): 389-397 (https://doi.org/10.1007/s00005-018-0513-y).
  • Łacina P., Butrym A., Mazur G., Bogunia-Kubik K.: BSG and MCT1 Genetic Variants Influence Survival in Multiple Myeloma Patients. Genes (Basel), 2018, 9(5): 226 (https://doi.org/10.3390/genes9050226).
  • Iwaszko M., Świerkot J., Kolossa K., Jeka S., Wiland P., Bogunia-Kubik K.: Influence of NKG2D Genetic Variants on Response to Anti-TNF Agents in Patients with Rheumatoid Arthritis. Genes (Basel), 2018, 9(2): 64 (https://doi.org/10.3390/genes9020064).