Laboratorium Immunogenetyki Klinicznej i Farmakogenetyki

W LIKiF prowadzone są badania immunogenetyczne i farmakogenetyczne, których celem jest poszukiwanie nowych markerów związanych z podatnością i przebiegiem choroby oraz odpowiedzią na leczenie, oceną skuteczności działania stosowanej terapii i bezpieczeństwa jej zastosowania. Badania genetyczne, ocena ekspresji genów oraz poziomów białek prozapalnych i miRNA prowadzone są w grupach pacjentów z chorobami reumatycznymi poddanych terapii biologicznej inhibitorami TNF-alfa. Porównywana jest zmienność genetyczna w zakresie m.in. cząsteczek głównego kompleksu zgodności tkankowej – MICA (i ich receptorów NKG2D) w odniesieniu do obecności wspólnego epitopu HLA-DRB1. U pacjentów z chorobami układu krwiotwórczego i chorych z rakiem piersi oznaczana jest długość telomerów oraz zmienność genetyczna podjednostki katalitycznej telomerazy TERT. W modelu komórkowym in vitro oceniana jest długość telomerów, aktywności telomerazy, oraz obecności mutacji somatycznych (C228T i C250T) w promotorze TERTp w kontekście ekspresji genu TERT. U chorych na szpiczaka mnogiego i ostrą białaczkę szpikową, oprócz polimorfizmów,  analizowana jest ekspresja basiginy – wielofunkcyjnego białka błonowego związanego m.in. z transportem jonów mleczanu przez błonę komórkową, poziom proangiogennego białka VEGF oraz ekspresja miRNA związanych z BSG. Ponadto prowadzone są badania nad rolą receptorów komórek NK w transplantacji komórek krwiotwórczych.

Kontakt

Kierownik

Kierownik: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik (0000-0001-9744-0376)

Prof. Bogunia-Kubik związana jest z immunogenetyką od ponad 20 lat. Jej badania koncentrują się na immunologii/immunogenetyce transplantacyjnej, poszukiwaniu nowych markerów związanych z podatnością i przebiegiem choroby oraz odpowiedzią na leczenie (np. choroby reumatyczne czy hematologiczne), a także zagadnieniach dotyczących starzenia się organizmu. W obszarze jej zainteresowań mieszczą się: polimorfizm sekwencji DNA kodujących HLA, zmienność genów spoza układu HLA, ekspresja miRNA oraz białek biorących udział w regulacji odpowiedzi immunologicznej. Od 2013 r. jest kierownikiem LIKiF. Aktualnie jest członkiem, m.in.: Rady Naukowej IITD PAN; Rady Wrocławskiej Szkoły Doktorskiej Instytutów PAN; Komitetu Immunologii i Etiologii Zakażeń Człowieka PAN; European Board of Transplant Immunology; Management Committee – COST CA17138: Integrated European Network on Chronic Graft Versus Host Disease (cGvHD) – EUROGRAFT; Zarządu Polskiego Towarzystwa Immunogenetycznego (przez 2 kadencje pełniła funkcję prezesa), Europejskiej Federacji Immunogenetyki (EFI Executive Committee; Councillor) oraz Oddziału Wrocławskiego Polskiego Towarzystwa Immunologii Doświadczalnej i Klinicznej (przewodnicząca).

Zespół

Adiunkci:

Specjaliści:

Doktoranci:

Najważniejsze osiągnięcia naukowe

Laboratorium zostało utworzone w 2013 roku. Do naszych dotychczasowych osiągnięć należy zbadanie i opisanie zależności:

  • zmienności polimorficznej genów kodujących klasyczne i nieklasyczne antygeny zgodności tkankowej i ich receptory, polimorfizmów i ekspresji cytokin prozapalnych oraz cząsteczek miRNA z podatnością na choroby reumatyczne i efektywnością terapii biologicznej,
  • wybranych czynników związanych z ryzykiem choroby i leczeniem pacjentów ze szpiczakiem mnogim oraz chorych na niedrobnokomókowego raka płuca,
  • długości telomerów, aktywności i ekspresji telomerazy w badaniach modelowych in vitro oraz badaniach ex vivo u pacjentów z nowotworami krwi i rakiem piersi

oraz pozyskanie funduszy na zakup aparatury badawczej, w tym mikroskopu holotomograficznego.

Metody badawcze
  • badanie zmienności polimorficznej i ekspresji genów (PCR, RT-PCR, qPCR, SNP, VNTR, STR-PCR, LightSNiP)
  • analiza ekspresji białek (testy Luminex i ELISA)
  • cytometria przepływowa
  • profilowanie miRNA
  • holotomografia komputerowa
Kluczowa aparatura badawcza
  • aparaty do PCR
  • aparaty do qPCR
  • cytometr przepływowy
  • sekwenator 8 kapilarny
  • analizator fluorescencyjno-laserowy Luminex200
  • stanowisko do przyżyciowej wizualizacji komórek z wykorzystaniem techniki holotomografii komputerowej z mikroskopem Tomocube (w ramach Pracowni Biologii Funkcjonalnej Komórki Laboratorium Immunogenetyki Klinicznej i Farmakogenetyki)
Najważniejsze projekty badawcze (ostatnie 10 lat)
  • „Epigenomiczne, immunogenetyczne i proteomiczne strategie identyfikacji determinant komórek NK o prognostycznym znaczeniu u pacjentów poddanych alogenicznemu przeszczepieniu komórek krwiotwórczych – badania wieloośrodkowe”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Opus Nr: UMO-2018/31/B/NZ2/03065 (03.10.2019-02.10.2022); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Określenie roli basiginy w rozwoju szpiczaka mnogiego i ostrej białaczki szpikowej”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Preludium Nr: UMO-2018/29/N/NZ5/02022 (28.01.2019-27.01.2022); kierownik projektu: mgr inż. Piotr Łacina.
  • „Nowe związki o działaniu przeciwnowotworowym zaburzające funkcje telomerów” – Targettelo, Grant Narodowego Centrum Badań i Rozwoju Nr: STRATEGMED3/306853/9/NCBR/2017 (17.05.2017-16.05.2021); kierownik projektu: prof. dr hab. Maciej Bagiński; kierownik podzadania: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik: Analiza zmienności genetycznej w obrębie jednostki katalitycznej telomerazy. workpakage 2: Określenie właściwości molekularnych badanych systemów telomerowych.
  • „W poszukiwaniu biomarkerów chorób reumatycznych – kompleksowa analiza profilu metabolicznego, polimorfizmów i ekspresji genów szlaku IL-23/Th17 i cząsteczek miRNA”; Grant Narodowego Centrum Nauki, Opus Nr: UMO-2016/21/B/NZ5/01901 (07.02.2017-06.02.2021); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • „Kontynuacja badań wstępnych dotyczących poszukiwania biomarkerów związanych z reumatoidalnym zapaleniem stawów”; Grant / Projekt KNOW Nr: 39/2015/KNOW/IITD (16.10.2015-15.10.2016); kierownik projektu: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • Badania wstępne dotyczące odpowiedzi immunologicznej u chorych z reumatoidalnym zapaleniem stawów o różnym statusie serologicznym”; Grant / Projekt KNOW Nr: 102/2016/KNOW IITD (5.10.2016-4.01.2018); kierownik projektu: dr Barbara Wysoczańska.
  • „Rola miRNA w regulacji fibrozy w twardzinie układowej”; Grant Homing Plus Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej (FNP); Homing Plus/2013-8/4 (1.07.2014-31.12.2015); kierownik projektu: dr Marzena Ciechomska.
  • Immunogenetyczne podłoże mechanizmu uwalniania progenitorowych komórek macierzystych ze szpiku do krwi obwodowej w odpowiedzi na podanie czynnika stymulującego wzrost kolonii granulocytów (G-CSF)”; Grant Narodowego Centrum Nauki: Preludium Nr: 2012/07/N/NZ6/02971 (17.06.2013-17.02.2018); kierownik projektu: mgr inż. Katarzyna Gębura.
  • Rola polimorfizmu i ekspresji receptorów z rodziny CD94/NKG2 oraz cząsteczki HLA-E w etiopatogenezie reumatoidalnego zapalenia stawów”; Grant Narodowego Centrum Nauki: Preludium Nr: 2012/05/N/NZ5/02607 (21.02.213-20.02.2016); kierownik projektu: mgr Milena Iwaszko.

Inne, wybrane projekty realizowane przez LIKiF:  

  • „Zakup mikroskopu holotomograficznego 3D HT – 2 wraz z niezbędnymi akcesoriami oprogramowaniem”; Grant aparaturowy Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego; UMOWA Nr 7061/IA/SP/2020; opracowanie projektu: dr Monika Chaszczewska-Markowska, prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik.
  • “Integrated European Network on Chronic Graft Versus Host Disease (cGvHD)” – EUROGRAFT; European Cooperation in Science and Technology – COST CA17138 (13.04.2018-12.04.2022); Directed by Professor Anne Dickinson (Newcastle, UK), currently by Professor Marit Inngjerdingen (Oslo, Norway); prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik – członek Management Committee.
  • „Utworzenie bazy danych immunogenetycznych polskiej populacji MultiGenBank”; projekt współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, lata 2007-2013, POIG.02.03.02-02-028/13 (2014-2015). dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik – pomysłodawca projektu, główny wykonawca merytoryczny, lider zespołu ImGen.
Wybrane publikacje
  • Dratwa M., Wysoczanska B., Turlej E., Anisiewicz A., Maciejewska M., Wietrzyk J., Bogunia-Kubik K.:Heterogeneity of telomerase reverse transcriptase mutation and expression, telomerase activity and telomere length across human cancer cell lines cultured in vitro. Exp Cell Res., 2020, 396(1): 112298 (https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2020.112298).
  • Iwaszko M., Świerkot J., Dratwa M., Wysoczańska B., Korman L., Bugaj B., Kolossa K., Jeka S., Wiland P., Bogunia-Kubik K.:Association of MICA-129Met/Val polymorphism with clinical outcome of anti-TNF therapy and MICA serum levels in patients with rheumatoid arthritis. Pharmacogenomics J., 2020 (https://doi.org/10.1038/s41397-020-0164-3).
  • Wielińska J., Kolossa K., Świerkot J., Dratwa M., Iwaszko M., Bugaj B., Wysoczańska B., Chaszczewska-Markowska M., Jeka S., Bogunia-Kubik K.:Polymorphisms within the RANK and RANKL Encoding Genes in Patients with Rheumatoid Arthritis: Association with Disease Progression and Effectiveness of the Biological Treatment. Arch Immunol Ther Exp (Warsz)., 2020, 68(4):24 (https://doi.org/10.1007/s00005-020-00590-6).
  • Wysoczanska B., Dratwa M., Gebura K., Mizgala J., Mazur G., Wrobel T., Bogunia-Kubik K.: Variability within the human TERT gene, telomere length and predisposition to chronic lymphocytic leukemia. Onco Targets Ther., 2019, 12: 4309-4320 (https://doi.org/10.2147/OTT.S198313).
  • Chaszczewska-Markowska M., Kosacka M., Chryplewicz A., Dyła T., Brzecka A., Bogunia-Kubik K.: ECCR1 and NFKB2 Polymorphisms as Potential Biomarkers of Non-small Cell Lung Cancer in a Polish Population. Anticancer Res., 2019, 39(6): 3269-3272 (https://doi.org/10.21873/anticanres.13469).
  • Gębura K., Butrym A., Chaszczewska-Markowska M., Wróbel T., Kuliczkowski K., Bogunia-Kubik K.: G-CSF administration favours SDF-1 release and activation of neutrophils and monocytes in recipients of autologous peripheral blood progenitor cells. Cytokine, 2019, 116: 38-47 (https://doi.org/10.1016/j.cyto.2018.12.011).
  • Ciechomska M., Bonek K., Merdas M., Zarecki P., Swierkot J., Gluszko P., Bogunia-Kubik K., Maslinski W.: Changes in MiRNA-5196 Expression as a Potential Biomarker of Anti-TNF-α Therapy in Rheumatoid Arthritis and Ankylosing Spondylitis Patients. Arch Immunol Ther Exp (Warsz), 2018, 66(5): 389-397 (https://doi.org/10.1007/s00005-018-0513-y).
  • Łacina P., Butrym A., Mazur G., Bogunia-Kubik K.:BSG and MCT1 Genetic Variants Influence Survival in Multiple Myeloma Patients. Genes (Basel), 2018, 9(5): 226 (https://doi.org/10.3390/genes9050226).
  • Iwaszko M., Świerkot J., Kolossa K., Jeka S., Wiland P., Bogunia-Kubik K.:Influence of NKG2D Genetic Variants on Response to Anti-TNF Agents in Patients with Rheumatoid Arthritis. Genes (Basel), 2018, 9(2): 64 (https://doi.org/10.3390/genes9020064).
  • Ciechomska M., O’Reilly S., Przyborski S., Oakley F., Bogunia-Kubik K., van Laar J.M.: Histone Demethylation and Toll-like Receptor 8-Dependent Cross-Talk in Monocytes Promotes Transdifferentiation of Fibroblasts in Systemic Sclerosis Via Fra-2. Arthritis Rheumatol., 2016, 68(6): 1493-504 (https://doi.org/10.1002/art.39602).