Pracownia Spektroskopii NMR

Obecne wyposażenie i niezbędna ekspertyza umożliwiają wykonywanie pomiarów z szeroko rozumianego bio-NMR, umożliwiając prowadzenie badań strukturalnych związków organicznych z próbek biologicznych w roztworach wodnych jak i ciał stałych oraz zawiesin np. komórek bakteryjnych. Pracownia spektroskopii NMR specjalizuje się w analizach strukturalnych oligosacharydów i polisacharydów bakteryjnych z wykorzystaniem spektroskopii NMR jedno- i wielowymiarowej homo- i heterojądrowej. Prowadzone są pomiary umożliwiające określenie złożonych struktur polisacharydowych, badania antygenów powierzchniowych komórek bakteryjnych (chemotypowanie bakterii), poszukiwanie nowych struktur lub wspólnych motywów strukturalnych O‑antygenów bakteryjnych, badania oddziaływań międzycząsteczkowych np. w układach przeciwciało-oligocukier, i mapowanie epitopów. Pracownia umożliwia realizację projektów z zakresu proteomiki, immunochemii, chemii biologicznej i biologii systemowej, a szczególnie unikatowych w skali kraju analiz strukturalnych NMR glikanów bakteryjnych oraz ich interakcji z układem odpornościowym. Pracownia funkcjonuje jako tzw. ‘core lab’ w Instytucie Hirszfelda i jest dostępna w trybie 24 h przez 7 dni w tygodniu (obowiązuje system rezerwacji dostępny dla użytkowników wewnętrznych). Pracownia współpracuje z ośrodkami naukowymi oraz wykonuje pomiary zlecone (cennik dostępny jest w intranecie lub na zapytanie dla użytkowników zewnętrznych) oraz oferuje możliwości współpracy dla jednostek spoza IITD PAN.

Kontakt

Kierownik

Kierownik: dr hab Tomasz Niedziela, profesor IITD PAN (0000-0002-9333-3175)

Dr hab. Tomasz Niedziela – profesor IIPD PAN w Laboratorium Immunochemii Drobnoustrojów i Szczepionek, Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. L. Hirszfelda PAN, we Wrocławiu; w projekcie BioMed koordynator części poświęconej projektowaniu nowych składników szczepionki przeciwkrztuścowej; stypendysta programu START FNP. Doświadczenie w analizie strukturalnej antygenów cukrowych zaawansowanymi technikami spektroskopii NMR i spektromerii mas zdobywał w czasie stażu podoktorskiego (2000-2002) w Instytucie Chemii, SLU w Uppasali, Szwecja. Zajmuje się immunochemią oraz badaniami złożonych antygenów cukrowych i projektowaniem przeciwbakteryjnych szczepionek glikokoniugatowych. Główne zainteresowania badawcze: immunochemia, szczepionki neoglikokoniugatowe, antygeny cukrowe Bordetella spp.,  spektroskopia NMR w analizach glikomicznych.

Zespół

Zespół:
Dr hab. Wojciech Jachymek, profesor IITD PAN (0000-0001-8963-3020)
Dr Sabina Koj, główny specjalista ds. środowiskowej aparatury badawczej (0000-0003-4615-9570)
Dr Karolina Ucieklak, specjalista badawczo-techniczny (0000-0003-4067-4379)

Metody badawcze
  • wysokoczuła, wysokorozdzielcza, nieniszcząca analiza jakościowa i ilościowa wszystkich rodzajów próbek biologicznych i chemicznych z wykorzystaniem sondy Cryo (QCI)
  • analizy strukturalne glikanów bakteryjnych oraz ich interakcji z układem odpornościowym
  • analizy oddziaływań typu ligand-receptor oraz mapowanie epitopów (STD-NMR, WaterLOGSY)
  • pomiary NMR w eksperymentach dyfuzyjnych (DOSY) dla szerokiego zakresu rozpuszczalnych związków chemicznych
  • pomiary z wykorzystaniem sondy HRMAS preparatów tkankowych (bioptatów) lub zawiesin (np. analizy antygenów bakteryjnych in situ), bez konieczności wcześniejszych modyfikacji chemicznych
Kluczowa aparatura badawcza

Spektroskop Bruker NMR AVANCE III™ 600 MHz z magnesem w technologii Ascend™ (aktywnie ekranowany nadprzewodzący magnes, ∅ 54 mm, pole 14,095 T)

Dostępne sondy pomiarowe:

Typ sondy OPIS
CryoQCI Poczwórna inwersyjna sonda pomiarowa (1H,13C, 15N,31P); Z-gradient; chłodzone przedwzmacniacze dla 1H, 13C i 2H-lock; automatyczny tuning-matching (ATM); ∅5 mm (możliwe także pomiary w probówkach  ∅ 3 mm)
HR-MAS Sonda pomiarowa typu „dual inverse HR-MAS 1H/13C, 2H-lock”; ∅ 4 mm (optymalizowane dla 1H); gradient pod kątem magicznym; szybkość obrotów: max. 15 kHz
SmartProbe Szerokopasmowa sonda pomiarowa; obserwacja wszystkich jąder w zakresie 31P – 15N, oraz 1H i 19F (z odsprzęganiem 1H i vice versa); Z-gradient; automatyczny tuning-matching (ATM); ∅ 5 mm
microTXI Trójrezonansowa (1H, 13C/31P, 2H) inwersyjna sonda pomiarowa TXI; automatyczny tuning-matching (ATM); Z-gradnient; probówki kapilarne ∅ 1,7 mm

Dostępne oprogramowanie: Topspin 3.1pl6 (akwizycja i analiza); Topspin 3.5pl7 (analiza)