Obecne wyposażenie i niezbędna ekspertyza umożliwiają wykonywanie pomiarów z szeroko rozumianego bio-NMR, umożliwiając prowadzenie badań strukturalnych związków organicznych z próbek biologicznych w roztworach wodnych jak i ciał stałych oraz zawiesin np. komórek bakteryjnych.
Pracownia spektroskopii NMR specjalizuje się w analizach strukturalnych oligosacharydów i polisacharydów bakteryjnych z wykorzystaniem spektroskopii NMR jedno- i wielowymiarowej homo- i heterojądrowej. Prowadzone są pomiary umożliwiające określenie złożonych struktur polisacharydowych, badania antygenów powierzchniowych komórek bakteryjnych (chemotypowanie bakterii), poszukiwanie nowych struktur lub wspólnych motywów strukturalnych O‑antygenów bakteryjnych, badania oddziaływań międzycząsteczkowych np. w układach przeciwciało-oligocukier, i mapowanie epitopów.
Pracownia umożliwia realizację projektów z zakresu proteomiki, immunochemii, chemii biologicznej i biologii systemowej, a szczególnie unikatowych w skali kraju analiz strukturalnych NMR glikanów bakteryjnych oraz ich interakcji z układem odpornościowym.
Pracownia funkcjonuje jako tzw. ‘core lab’ w Instytucie Hirszfelda i jest dostępna w trybie 24 h przez 7 dni w tygodniu (obowiązuje system rezerwacji dostępny dla użytkowników wewnętrznych). Pracownia współpracuje z ośrodkami naukowymi oraz wykonuje pomiary zlecone (cennik dostępny jest w intranecie lub na zapytanie dla użytkowników zewnętrznych) oraz oferuje możliwości współpracy dla jednostek spoza IITD PAN.
Kontakt
Kierownik
Kierownik: dr hab Tomasz Niedziela, profesor IITD PAN (0000-0002-9333-3175)
Dr hab. Tomasz Niedziela – profesor IITD PAN w Laboratorium Immunochemii Drobnoustrojów i Szczepionek, Instytutu Immunologii i Terapii Doświadczalnej im. L. Hirszfelda PAN, we Wrocławiu; w projekcie BioMed koordynator części poświęconej projektowaniu nowych składników szczepionki przeciwkrztuścowej; stypendysta programu START FNP.
Doświadczenie w analizie strukturalnej antygenów cukrowych zaawansowanymi technikami spektroskopii NMR i spektromerii mas zdobywał w czasie stażu podoktorskiego (2000-2002) w Instytucie Chemii, SLU w Uppasali, Szwecja. Zajmuje się immunochemią oraz badaniami złożonych antygenów cukrowych i projektowaniem przeciwbakteryjnych szczepionek glikokoniugatowych.
Główne zainteresowania badawcze: immunochemia, szczepionki neoglikokoniugatowe, antygeny cukrowe Bordetella spp., spektroskopia NMR w analizach glikomicznych.
Metody badawcze
- wysokoczuła, wysokorozdzielcza, nieniszcząca analiza jakościowa i ilościowa wszystkich rodzajów próbek biologicznych i chemicznych z wykorzystaniem sondy Cryo (QCI)
- analizy strukturalne glikanów bakteryjnych oraz ich interakcji z układem odpornościowym
- analizy oddziaływań typu ligand-receptor oraz mapowanie epitopów (STD-NMR, WaterLOGSY)
- pomiary NMR w eksperymentach dyfuzyjnych (DOSY) dla szerokiego zakresu rozpuszczalnych związków chemicznych
- pomiary z wykorzystaniem sondy HRMAS preparatów tkankowych (bioptatów) lub zawiesin (np. analizy antygenów bakteryjnych in situ), bez konieczności wcześniejszych modyfikacji chemicznych
Kluczowa aparatura badawcza
Spektroskop Bruker NMR AVANCE III™ 600 MHz z magnesem w technologii Ascend™ (aktywnie ekranowany nadprzewodzący magnes, ∅ 54 mm, pole 14,095 T)
Dostępne sondy pomiarowe:
| Typ sondy |
OPIS |
| CryoQCI |
Poczwórna inwersyjna sonda pomiarowa (1H,13C, 15N,31P); Z-gradient; chłodzone przedwzmacniacze dla 1H, 13C i 2H-lock; automatyczny tuning-matching (ATM); ∅5 mm (możliwe także pomiary w probówkach ∅ 3 mm) |
| HR-MAS |
Sonda pomiarowa typu „dual inverse HR-MAS 1H/13C, 2H-lock”; ∅ 4 mm (optymalizowane dla 1H); gradient pod kątem magicznym; szybkość obrotów: max. 15 kHz |
| SmartProbe™ |
Szerokopasmowa sonda pomiarowa; obserwacja wszystkich jąder w zakresie 31P – 15N, oraz 1H i 19F (z odsprzęganiem 1H i vice versa); Z-gradient; automatyczny tuning-matching (ATM); ∅ 5 mm |
| microTXI |
Trójrezonansowa (1H, 13C/31P, 2H) inwersyjna sonda pomiarowa TXI; automatyczny tuning-matching (ATM); Z-gradnient; probówki kapilarne ∅ 1,7 mm |
Dostępne oprogramowanie: Topspin 3.1pl6 (akwizycja i analiza); Topspin 3.5pl7 (analiza)
