Laboratorium Genetyki i Epigenetyki Chorób Człowieka

Laboratorium Genetyki i Epigenetyki Chorób Człowieka (LGECC) zostało powołane w lipcu 2020 roku. Tematem wiodącym wyznaczającym kierunek badań Laboratorium są genetyczne i epigenetyczne uwarunkowania regulacji odpowiedzi immunologicznej (ze szczególnym uwzględnieniem punktów kontroli immunologicznej) w rozwoju, progresji i odpowiedzi na leczenie w chorobach człowieka. Laboratorium wykonuje również prace z zakresu genetyki nowotworów krwi i badania nad potencjalnymi markerami czynników ryzyka wpływających na losy pacjentów po przeszczepieniu komórek krwiotwórczych.


W szczególności badania dotyczą:

  • wrodzonej zmienności w obrębie genów regulujących odpowiedź immunologiczną w odniesieniu do ryzyka zachorowania i przebiegu chorób nowotworowych, hematologicznych, autoimmunologicznych i innych;
  • poszukiwania nowych biomarkerów diagnostycznych i badania ich związku z ryzykiem zachorowania i przebiegu chorób nowotworowych (w tym nowotworów hematologicznych), autoimmunologicznych i innych;
  • związku zmienności epigenetycznej (metylacja i miRNA) z ryzykiem wystąpienia i progresją chorób człowieka;
  • poszukiwania biomarkerów odpowiedzi na immunoterapie;
  • badania funkcjonalnego znaczenia wariantów genetycznych, funkcji miRNA.

Nasze projekty badawcze prowadzimy we współpracy z innymi ośrodkami naukowymi i placówkami medycznymi, między innymi z Dolnośląskim Centrum Onkologii, Pulmonologii i Hematologii we Wrocławiu; Kliniką Urologii Małoinwazyjnej i Robotycznej Uniwersyteckiego Centrum Urologii Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu; Katedrą i Kliniką Hematologii, Nowotworów Krwi i Transplantacji Szpiku Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu; I Katedrą i Kliniką Pediatrii, Alergologii i Kardiologii Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu; Katedrą i Kliniką Pulmonologii i Nowotworów Płuc  Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu oraz Katedrą i Zakładem Leczenia Otyłości, Zaburzeń Metabolicznych oraz Dietetyki Klinicznej Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu. Dzięki współpracy z Dolnośląskim Centrum Onkologii, Pulmonologii i Hematologii realizowane są w naszym Laboratorium od 2022 roku trzy doktoraty wdrożeniowe.

Aktualnie w Laboratorium realizowane są granty badawcze:

Grant OPUS 17 finansowany przez Narodowe Centrum Nauki: „Punkty kontroli immunologicznej w niedrobnokomórkowym raku płuc-badanie genetycznych i epigenetycznych mechanizmów regulacji ekspresji mRNA i białka”, kierownik dr hab. Monika Jasek, 2 257 528 PLN (2020-2023; nr grantu 2019/33/B/NZ5/03029)

Grant MINIATURA 6 finansowany przez Narodowe Centrum Nauki 2022/06/X/NZ7/01793 (2022-2023) ,,Immunogenność szczepienia i infekcji COVID-19 u pacjentów z nowotworami układu krwiotwórczego”, kierownik dr Emilia Jaskuła

Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0424/2022 „Znaczenie diagnostyczne, rokownicze i terapeutyczne markerów uszkodzenia tkanek w chorobie przeszczep przeciwko gospodarzowi u pacjentów po allogenicznym przeszczepieniu komórek krwiotwórczych”, doktorant lek. med. Marta Szyca-Śmieszniak, promotor dr hab. Lidia Karabon

Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0421/2022, „Znaczenie diagnostyczne, rokownicze i terapeutyczne badań statusu hipermutacji somatycznej rejonu zmiennego ciężkiego łańcucha immunoglobulin (IGHV) w przewlekłej białaczce limfocytowej”, doktorant mgr Iga Jendrysik, promotor dr hab. Lidia Karabon

Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0422/2022 „Prognostyczne i terapeutyczne znaczenie badań mutacji genu TP53 i delecji 17p w przewlekłej białaczce limfocytowej”, doktorant mgr inż. Anna Sobczyńska-Konefał, promotor dr hab. Monika Jasek

 

Kontakt

Kierownik

Kierownik: dr hab. Lidia Karabon, prof. PAN (http://orcid.org/0000-0001-8172-0971)

Wykształcenie: XIV LO we W-wiu; Politechnika Wrocławska, Wydz. Chemiczny; 2003 doktorat IITD PAN; 2012 habilitacja IITD PAN.

Zatrudnienie: 1988-1991 Politechnika Wrocławska Wydz. Chemiczny; 1991-2001 Szpital K. Dłuski, Zespół Przeszczepiania Szpiku; 2002-2005 Dolnośląskie Centrum Transplantacji Komórkowych, kierownik Pracowni HLA; 2006-2020 IITD PAN Laboratorium Immunopatologii; 2020-obecnie kierownik Laboratorium Genetyki i Epigenetyki Chorób Człowieka

Staże zagraniczne: 2001-Medical University, Vienna, Austria-1 m-c; LifeCodes Company Stamford, USA- ¼ m-ca, 2004-University of Pennsylvania School of Medicine, Philadelphia, USA -1 rok; 2016-Institute of Gene Biology, RAS Rosja-3 m-ce; 2018-University of Thessaly, Grecja-¼ m-ca.

Autorka: 64 publikacji z Listy Filadelfijskiej m. in. w: PlosOne, Frontiers in Immunology, Frontiers in Genetics, British Journal of Hematology, Immunology, Immunology Letters, Immunogenetics, Nucleic Acid Research, Journal of Neuroimmunology, Urological Oncology, Leukemia, Journal of Immunology Research, Cancers (Basel), Cells, Bone Marrow Transplantation.

Członek: European Federation for Immunogenetics; Polskiego Towarzystwa Immunogenetycznego (2014 -2022 Prezes, od 2022 skarbnik); Polskiego Tow. Immunologii Doświadczalnej i Klinicznej; mężatka, 4 dzieci, hobby: kino, wycieczki, ceramika.

Zespół

Profesorowie instytutu:

Adiunkci:

Specjaliści:

Doktoranci:

Metody badawcze

biologia molekularna

  • genotypowanie polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (PCR-RFLP-, Sondy TaqMan, HRM, ARMS-PCR)
  • sekwencjonowanie genów i oznaczenie ekspresji genów za pomocą techniki NGS
  • badanie metylacji (MS-HRM, pirosekwencjonowanie)
  • badanie ekspresji genu (RT-qPCR, ddPCR)
  • badanie ekspresji miRNA (RT-qPCR, ddPCR)
  • wyciszanie ekspresji genów (siRNA, As-OND) i miRNA
  • badanie aktywności promotorowej (testy lucyferazowe)
  • badanie funkcji miRNA w regulacji ekspresji genu (testy lucyferazowe)
  • oznaczanie poziomu białek (testy ELISA, Western Blot, Luminex, Cytometria Przepływowa, Immunohistochemia)

hodowle komórkowe

  • hodowle linii komórkowych i komórek pozyskanych z krwi obwodowej
  • transfekcja komórek (lipotransfekcja, nukleofekcja, transdukcje lentiwirusowe)
  • testy komórkowe (ADCC assay, CFSE assay, apoptosis assay)
Najważniejsze projekty badawcze (ostatnie 10 lat)
  • Grant OPUS 17 finansowany przez Narodowe Centrum Nauki: „Punkty kontroli immunologicznej w niedrobnokomórkowym raku płuc – badanie genetycznych i epigenetycznych mechanizmów regulacji ekspresji mRNA i białka”, kierownik dr hab. Monika Jasek, wykonawcy grantu: dr Marta Wagner; med. Nafeesa Moksud, mgr Julia Depta; dr hab. Lidia Karabon ; 2 257 528 PLN (2020-2023; nr grantu 2019/33/B/NZ5/03029)
  • Grant MINIATURA 6 finansowany przez Narodowe Centrum Nauki 2022/06/X/NZ7/01793 (2022-2023) ,,Immunogenność szczepienia i infekcji COVID-19 u pacjentów z nowotworami układu krwiotwórczego”, kierownik dr Emilia Jaskuła
  • Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0424/2022 „Znaczenie diagnostyczne, rokownicze i terapeutyczne markerów uszkodzenia tkanek w chorobie przeszczep przeciwko gospodarzowi u pacjentów po allogenicznym przeszczepieniu komórek krwiotwórczych”, doktorant lek. med. Marta Szyca-Śmieszniak, promotor dr hab. Lidia Karabon
  • Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0421/2022, „Znaczenie diagnostyczne, rokownicze i terapeutyczne badań statusu hipermutacji somatycznej rejonu zmiennego ciężkiego łańcucha immunoglobulin (IGHV) w przewlekłej białaczce limfocytowej”, doktorant mgr Iga Jendrysik, promotor dr hab. Lidia Karabon
  • Doktorat wdrożeniowy finansowany przez MNiSZW (2022-2026) DWD/6/0422/2022 „Prognostyczne i terapeutyczne znaczenie badań mutacji genu TP53 i delecji 17p w przewlekłej białaczce limfocytowej”, doktorant mgr inż. Anna Sobczyńska-Konefał, promotor dr hab. Monika Jasek
  • Współpraca z Kliniką Urologii Małoinwazyjnej i Robotycznej Uniwersyteckiego Centrum Urologii Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu w realizacji projektu „Poszukiwanie i ocena przydatności klinicznej nowych czynników genetyczno-molekularnych i markerów immunohistochemicznych zaangażowanych w etiopatogenezę nowotworów układu moczowo-płciowego” wykonawcy projektu: mgr. Anna Andrzejczak, mgr Anna Tomkiewicz, dr hab. Lidia Karabon
  • Grant Fundacji Hr. Potockiego: „Wpływ uwarunkowań genetycznych w zakresie genów kodujących PD-1/PD-L1 należących do tzw. punktów kontroli immunologicznej, na ryzyko zachorowania i przebieg raka nerki” kierownik dr hab. Lidia Karabon, wykonawcy grantu:, dr Marta Wagner, dr hab. Monika Jasek, mgr Anna Tomkiewicz, mgr Agata Witkowicz, mgr Anna Andrzejczak; 95 000 PLN.
Wybrane publikacje
  • Moksud N, Wagner M, Pawełczyk K, Porębska I, Muszczyńska-Bernhard B, Kowal A, Wiśniewski A, Kossacka M, Kończak J, Karpiński P, Frydryk D, Andrzejczak A, Karabon L, Kuśnierczyk P, Jasek M. Common inherited variants of PDCD1, CD274 and HAVCR2 genes differentially modulate the risk and prognosis of adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. J Cancer Res Clin Oncol. 2023. DOI: 10.1007/s00432-023-04602-8
  • Andrzejczak A, Partyka A, Wiśniewski A, Porębska I, Pawełczyk K, Ptaszkowski K, Kuśnierczyk P, Jasek M and Karabon L. The association of BTLA gene polymorphisms with non-small lung cancer risk in smokers and never-smokers. Front Immuno. 2023, 13:1006639. DOI: 10.3389/fimmu.2022.1006639
  • Andrzejczak A, Tupikowski K, Tomkiewicz A, Małkiewicz B, Ptaszkowski K, Domin A, Szydełko T, Karabon L. The Variations’ in Genes Encoding TIM-3 and Its Ligand, Galectin-9, Influence on ccRCC Risk and Prognosis. Int J Mol Sci. 2023, 24(3):2042. DOI: 10.3390/ijms24032042
  • Andrzejczak A, Witkowicz A, Kujawa D, Sypnik D, Szulińska M, Bogdański P, Łaczmanski Ł and Karabon L. NGS Sequencing Reveals New UCP1 Gene Variants Potentially Associated with MetS and/or T2DM Risk in the Polish Population – A Preliminary Study. Genes. 2023, 14(4):789.  DOI: 10.3390/genes14040789
  • Dinas PC, Nintou E, Vliora M, Pravednikova AE, Sakellariou P, Witkowicz A, Tomkiewicz A, Karabon L et al. Prevalence of uncoupling protein one genetic polymorphisms and their relationship with cardiovascular and Metabolic Health. PLOS ONE. 2022, 17.  DOI: 10.1371/journal.pone.0266386
  • Gomułka K, Liebhart J, Jaskuła E, Mędrala W. Influence of vascular endothelial growth factor on neutrophil activation in asthmatics. Adv Dermato Allergo. 2022, 39:275–80. DOI: 10.5114/ada.2022.115888
  • Karabon L, Andrzejczak A, Ciszak L, Tomkiewicz A, Szteblich A, Bojarska-Junak A, et al. BTLA expression in CLL: Epigenetic regulation and impact on CLL B cell proliferation and ability to IL-4 production. Cells. 2021, 10:3009. DOI: 10.3390/cells10113009
  • Wagner M, Jasek M, Karabon L. Immune Checkpoint Molecules – Inherited Variations as Markers for Cancer Risk. Front Immuno. 2021, 11:606721. DOI: 10.3389/fimmu.2020.606721
  • Wagner M, Tupikowski K, Jasek M, Tomkiewicz A, Witkowicz A, Ptaszkowski K, Karpiński P, Zdrojowy R, Halon A, Karabon L. SNP-SNP interaction in genes encoding PD-1/PD-L1 axis as a potential risk factor for clear cell renal cell carcinoma. Cancers. 2020, 12:3521. DOI: 10.3390/cancers12123521
  • Jasek M., Bojarska-Junak A., Sobczyński M., Wagner M., Chocholska S., Roliński J., Wołowiec D., Karabon L.: Association of Common Variants of TNFSF13 and TNFRSF13B Genes with CLL Risk and Clinical Picture, as Well as Expression of Their Products – APRIL and TACI Molecules. Cancers (Basel), 2020, 12(10): E2873 http://doi.org/10.3390/cancers12102873
Kluczowa aparatura badawcza

Aparatura do badań z zakresu biologii molekularnej

  • QX200 Droplet Digital PCR System (BioRad)
  • System ViiA 7 Real-Time PCR (Applied Biosystems)
  • Stanowisko do oceny i archiwizacji obrazów (aparat UVITEC + komputer)
  • Thermocykler T-100 (BioRad)
  • Wirówka 5810R (Eppendorf)
  • Zestaw do elektroforezy poziomej
  • Zestaw do elektroforezy wertykalnej oraz akcesoria do transferu mokrego
  • Zbiornik na ciekły azot z wyposażeniem

Aparatura do badań z zakresu biologii komórkowej

  • Laminar BIO 130 (Alpina)
  • Inkubator Nu-5831 (Biogenet)
  • Wirówka 5810R (Eppendorf)